1. Keputrian

Keputrian merupakan salah satu program unggulan MI Almaarif 11 Gunungrejo dalam menambah wawasan dan pengetahuan tentang kewanitaan seperti mengenal masa Pubertas, Doa-doa, dan belajar cara membersihkan diri dari Hadats dan Najis.

2. Bimbingan Baca Tulis Alquran (Metode Bilqolam)

Pembelajaran Bimbingan Baca Tulis Alquran dengan metode Bilqolam merupakan panduan pembelajaran praktis membaca Alquran bagi pemula, yang pada awalnya disusun oleh KH. M. Basori Alwi atas usulan KH. Mudatsir dari Madura, yang pada saat itu sekitar tahun 1991 di pondok KH. Mudastsir menggunakan salah salah satu buku pembelajaran Alquran sehingga cocok untuk dijadikan metode pembelajaran awal bagi siswa.